Klimat jest bardzo zróżnicowany.
Archipelag japoński rozciąga się łukiem od 20°25' do 45°33' szerokości geograficznej północnej. Japonia leży w północnowschodniej strefie występowania monsunów, które docierają tu z Korei, Chin i Indii.
Temperatura na północy wynosi latem ok. 20°C, natomiast zimy są bardzo śnieżne i mroźne, a temperatury spadają do ok. -40°C. Południe kraju jest dużo cieplejsze ok. 30°C w lecie i ok. 15°C w zimie.

W Japonii są cztery pory roku. Wilgotne i gorące lato rozpoczyna się w połowie lipca. Bezpośrednio poprzedza je pora deszczowa, która trwa około jednego miesiąca i nie występuje jedynie na wyspie Hokkaido, położonej najbardziej na północ kraju.

Pora zimowa w Japonii jest zróżnicowana w poszczególnych częściach kraju. Na obszarach położonych od strony Pacyfiku występuje wiele słonecznych i ciepłych dni. Za to na Hokkaido zimy są bardzo mroźne. W górach zimą jest bardzo dużo śniegu. Obfitość śniegu pozwala na uprawianie sportów zimowych.

Wiosna i jesień w Japonii są najpiękniejszymi i najbardziej kolorowymi porami roku (wiosną jest różowo od kwitnących wiśni, a jesienią kraj pokrywają czerwono-brunatne liście klonów). Jesień przynosi ze sobą tajfuny charakteryzujące się ulewnymi deszczami oraz porywistymi wiatrami. Tokio położone jest na tej samej szerokości co Ateny i Los Angeles. Zimy w stolicy Japonii są łagodne o niskiej wilgotności powietrza i rzadkich opadach śniegu, lata są gorące i bardzo wilgotne. Zróżnicowany klimat, obfitujący w deszcze sprzyja występowaniu dużych obszarów leśnych oraz bogatej roślinności na terenie całego kraju.