Pierwszą misję Chrześcijańską w Japonii założyli w 1549 roku jezuici. Religia chrześcijańska cieszyła się dużym powodzeniem i już po trzydziestu latach działalności nawrócono 100 tys. ludzi.

Lecz już od 1614 roku za panowania cesarza Tokugawy Ieyasu rozpoczęły się prześladowania. W tym czasie w Japonii było już ponad 300 tys. chrześcijan. Misjonarze powrócili do Japonii dopiero w roku 1859, nie mogli jednak jawnie nauczać, dlatego też organizowali podziemne grupy misyjne.

Do dziś chrześcijaństwo pozostaje wiarą mniejszości, jednakże nie jest już tak prześladowane jak miało to miejsce za panowania Tokugawy Ieyasu. Japończycy, którzy są w większości wielo religijni przejmują niektóre obrzędy chrześcijańskie...

Historia chrześcijaństwa w Japonii sięga XVI wieku. W 1549 r. przybył do Japonii pierwszy misjonarz, św. Franciszek Ksawery. Rozpoczynając pracę misyjną, próbował chrystianizować Japonię "od góry", wychodząc ze słusznego i wielokrotnie sprawdzonego założenia, że jeśli się nawróci możnowładca, to za nim pójdą jego poddani. Św. Franciszek pozyskał wprawdzie dla wiary daimio (feudalnego księcia) w zachodniej Japonii, ale zabiegi o kontakt z szogunem (rządcą Japonii) w Kioto nie przyniosły rezultatu. Św. Franciszek udał się następnie do zachodniej Japonii, do Yamaguchi, i tam spędził większą część swego ponad dwuletniego pobytu w Japonii. Około 500 Japończyków nawróciło się na wiarę chrześcijańską. Za Świętym zaczęli przybywać inni misjonarze hiszpańscy i w krótkim czasie powstało kilka ośrodków chrystianizacji Japonii. Na jesieni 1551 r. Św. Franciszek opuścił Japonię, pragnąc udać się do Chin, aby tam rozpocząć pracę misyjną, ale tuż przed dotarciem na ląd chiński zmarł na wyspie Sanchan. Chrystianizacja Japonii w XVI wieku posuwała się dosyć szybko, chociaż była głównie procesem oddolnym. Do misjonarzy jezuickich dołączyli hiszpańscy i portugalscy franciszkanie. W roku 1570 liczba wiernych dochodziła do 30 tysięcy. Za misjonarzami szli kupcy. I właśnie rozbieżność kupieckich interesów stała się przyczyną zahamowania i następnie odwrócenia procesu chrystianizacji. W tym też czasie przybyli do Japonii kupcy holenderscy, przedstawiciele narodu, który w czasie trwającej wówczas w Europie Reformacji wziął stronę protestantów. Schizma w Kościele była bardzo świeża, mieszkańcy różnych krajów byli głęboko zaangażowani w konflikty religijne, tak też kupcy holenderscy postrzegli hiszpańskich i portugalskich misjonarzy jako swoich wrogów. Zaczęli oni podburzać wielmożów japońskich, przekonując ich, że za misjonarzami hiszpańskimi i portugalskimi przyjdzie ich wojsko i militarnie podporządkują sobie Japonię. Oczywiście, podburzały też daimio i szogunów klasztory buddyjskie, które widząc jak misjonarze pozyskiwali coraz więcej ludzi i możnowładców dla chrześcijaństwa, obawiały się utraty swojego prestiżu społecznego i politycznego zarazem. W rezultacie szogun Toyotomi Hideyoshi wydał w roku 1587 dekret nakazujący wszystkim misjonarzom opuścić Japonię oraz zakazujący wyznawania religii chrześcijańskiej pod karą śmierci. W ten sposób rozpoczęło się prześladowanie chrześcijan, w okrutny sposób mordowano zarówno Japończyków jak i cudzoziemców. Między innymi w 1743 r. poniósł śmierć męczeńską polski jezuita O. Wojciech Męciński. Z pierwszego okresu prześladowań 26 męczenników w Nagasaki zostało kanonizowanych w 1862 r. W kilka lat później 205 męczenników z XVI wieku zostało beatyfikowanych. Wreszcie, kilka lat temu ukończono proces beatyfikacyjny 188 męczenników z przełomu XVII i XVIII wieku. Prześladowania rozszerzały się na całą Japonię, przybierając mniejsze lub większe nasilenie zależnie od ilości chrześcijan i nastawienia rządców. Chrześcijanie ukrywali się ze swoją wiarą, zwłaszcza w Nagasaki i okolicy. Chrzcili potajemnie swoje dzieci, uczyli ich katechizmu, w ukryciu zbierali się na wspólne modlitwy. Pozostały z tego okresu zapisy pieśni i modlitw tych ukrytych chrześcijan (Kakure kirishitan). Pod koniec 1637r. chrześcijanie na półwyspie Shimabara (na południe od Nagasaki) chwycili za broń przeciwko prześladowcom, ale zostali okrutnie wymordowani. Prześladowania trwały przez ponad 200 lat. Chrześcijanie w Nagasaki przetrwali okres prześladowań aż do okresu Meiji i otwarcia się Japonii na świat. W połowie XIX wieku udali się do Nagasaki misjonarze francuscy i wystawili tam mały kościół. Wówczas ukryci chrześcijanie skontaktowali się z nimi i wybadawszy, czy utrzymują łączność z Kościołem Rzymskim, wyznali, że są tej samej wiary. W miarę otwierania się Japonii zwiększała się też liczba misji i misjonarzy. Również i sami Japończycy zaczęli wstępować do stanu kapłanskiego. Także Siostry zakonne, zwłaszcza z Francji, przybywały do Japonii i zakładały szkoły. Jednocześnie nadal zdarzały się prześladowania, szczególnie na prowincji, gdzie lokalne władze dalej próbowały więzić ludzi za wiarę chrześcijańską. I tak na przykład w Tsuwano, na północ od Yamaguchi, pod koniec lat 1880 uwięziono i stracono 33 męczenników za wiarę. Podobnie też pojawiały się prześladowania w Yamagata i w kilku innych miejscach. Nowa konstytucja z roku 1889 zapewniała wolność wyznawania religii w Japonii, co jednak nie znaczy, że nowe prawo zaraz było wprowadzone w całym kraju. W roku 1930 przybył do Japonii O. Maksymilian Kolbe, franciszkanin, założyciel Rycerstwa Niepokalanej i wkrótce zaczął wydawać miesięcznik Rycerza w języku japońskim. Za nim przybyło z Polski kilkunastu Ojców i Braci i na szeroką skalę zaczęli prowadzić pracę duszpasterską i charytatywną. Kiedy Japonia powoli stawała się militarnie silnym państwem, opanowała Koreę, potem Mandżurię i wreszcie pokonała carską Rosję w 1905 r., istniejące misje katolickie znów napotkały na olbrzymie trudności. Nie tylko nie było żadnej pomocy ze strony rządu japońskiego, ale dopatrywano się w misjonarzach i w religii chrześcijańskiej sił obcych i wrogich Japonii. W takich warunkach powstał i zaczął działać również uniwersytet Sophia w Tokio. W 1908 roku papież Pius X zwrócił się do jezuitów niemieckich, aby w Tokio założyli szkołę wyższą. W 1912 roku została otwarta szkoła, która później przerodziła się w uniwersytet. Do jezuitów niemieckich dołączyli się też jezuici hiszpańscy. W okresie przedwojennym, kiedy militaryzm japoński opanowywał wszystkie strefy życia społecznego, działalność Kościoła była niezmiernie ograniczana i utrudniana. Dla uniwersytetu Sophia powstał poważny problem, tzw. Problem Yasukuni Jinja, świątyni szintoistycznej w Tokio, wybudowanej na cześć bohaterów japońskich, głównie poległych w czasie wojny japońsko-rosyjskiej w latach 1904-5. Grupa studentów uniwersytetu Sophia odmówiła pokłonów przed tą świątynią, co uznano za bunt przeciwko duchowi japońskiemu i niewłaściwe wychowanie młodzieży na uniwersytecie. Groziło to zamknięciem uczelni. Ponieważ jednak uniwersytet prowadzili głównie Niemcy, udało się załatwić tę sprawę polubownie. A kiedy rozpoczęła się wojna na Pacyfiku pod koniec 1941 roku, internowano wszystkich misjonarzy nie będących Niemcami, a nawet od tych zażądano złożenia deklaracji lojalności Hitlerowi. I tylko ci, którzy złożyli taką deklarację lub zręcznie uniknęli jej składania, mogli prowadzić ograniczoną pracę misyjną. Nadmienić warto, że taki sam los internowania spotkał polskich misjonarzy, współbraci św. Maksymiliana Kolbego. Po przegranej wojnie Japończycy stracili orientację ideologiczną i stanęli na bezdrożu. Nie chcieli iść po linii militaryzmu, który doprowadził ich do straszliwej klęski, a nowych wzorów nie znali. Misjonarze, którzy jeszcze od czasów przedwojennych przebywali w Japonii, uznali, że nadeszła pora na masowe nawrócenia na chrześcijaństwo. Wzywali więc pomocy z całego świata. Dzięki ich wysiłkom do Japonii napływało dużo misjonarzy z różnych krajów: z Hiszpanii, Francji, Włoch, Ameryki. Najwięcej przyjechało jezuitów, głównie kleryków, którzy najpierw uczyli się języka, potem studiowali tutaj teologię, otrzymywali święcenia. Uniwersytet Sophia rozwijał się, podnosił swoją pozycję i obecnie należy do dobrych tokijskich uniwersytetów. Napływali też do Japonii misjonarze innych zgromadzeń zakonnych. Z Polski przybyli salezjanie, dominikanie, werbiści, również Siostry zakonne Opatrzności Bożej i powoli włączali się do pracy misyjnej.